A infraestrutura física existente na Fazenda Água Limpa é composta por dois blocos de edificações (Blocos A e B) onde funcionam a Administração, o Restaurante, salas de técnicos, sala de reuniões e salas de aula; Galpão de Máquinas (Oficina), Alojamento, Almoxarifado; pelas instalações que abrigam os laboratórios (Laboratório de Ensaios Metabólicos – LABEM, Laboratório de Preservação de Madeiras, Laboratório de Nutrição Animal – LNA); além  daquelas destinadas à criação de animais, tais como o Centro de Primatologia, o Centro de Manejo de Ovinos, o Centro de Capacitação em Bovinos de Leite – CCBL e o Sistema de Criação de Suínos. 

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